Eso es una decision personal.
Para mí es vital poder cambiar la ROM a alguna que almenos tenga más personalización, performance, soporte nativo para el OTG, posibilidad de bloquear permisos, grabar en pantalla...
Hay muchas cosas que puedes hacer con roms cocinadas y otras que pierdes como las actualizaciones oficiales, arriesgarte a poder probar una rom mala, quizá dar alguna vuelta hasta que encuentres esa rom a la que te encuentres a gusto...
También hay algunas de las características disponibles para custom roms, disponibles para la stock mediante XPossed Framework, siendo para mi una opción tampoco nada despreciable.
Yo me voy a por una custom sin pensarlo, aunque el dispositivo sea un nexus. Habrá gente que opinará lo contrario, seguro.