Como? con el Titanium Backup, Link2sd, rootUninstaller... Hay unos cuantos programas con los que puedes hacerlo.
La respuesta complicada aquí es la de cuales quitar; yo en mi caso he quitado las aplicaciones que no uso (evidentemente) y aparte otras cosas como el teclado, la galería, el reproductor de música, el launcher... para sustituírlas por las apps que a mi me gustan (Touchpal, Quickpic, PowerAMP, ssLauncher), pero en el fondo es cosa tuya y de tus gustos. Lo que si te recomiendo es no tocar nada que no sepas lo que es, pregunta antes por aquí, o al menos hazte antes una copia de seguridad, por si las moscas.