Cambies lo que cambies en software no pierdes la garantía.. Hay una ley que obliga a cumplir la garantía a los vendedores aunque hayas rooteado el móvil o instalado otra rom. Pero estamos hablando de la garantía de HARDWARE que es la que incluye el fabricante, osea de piezas. Si tienes algún problema de software con el sistema operativo se van a lavar las manos pero vamos que aunque no hubieras modificado nada igual va a pasar. En principio si jodiste algo en el móvil algun programa o lo que sea no te lo cubre la garantía, si te ayudan es porque quieren..
De todas formas si instalas el recovery extendido original o el recovery de 4 opciones original de alcatel no estás alterando nada del teléfono porque es el software del fabricante y no te pueden decir nada. Otra cosa sería que instalaras el clockworkmod recovery que no es oficial.