[ CONSULTA ] Dudas y problemas al modificar una rom

[maaqui]

Me tope el otro día con este hilo de la wiki de aquí Cómo modificar y firmar una ROM.

Entonces me dispuse hacer pruebas, probé con la aplicacion lucky patcher, y me paso que si uso el apk que descargue desde la web me sale fc y si uso el apk que tengo dentro de data/app funciona sin problemas.¿A que se debe?

por otro lado también intente cambiar el launcher que venia en el pero no me a funcionado, haciendo como si fuese otra apk, ¿Que tendría que hacerse en este caso? si hay que descompilar y volver a compilar, paso de momento.

Estas son las dudas y problemas que tengo de momento, quiero aprender a modificar una rom antes de "crear una".

pd: estoy modificando la rom slimics v4.2 en un samsung galaxy i9000