Si ya cuentas con el sistema oficial lollipop descargado, lo colocas en una carpeta que crees previamente como "dload" en la tarjeta microSD, y reinicias con los 3 botones a la par para que se instale. Y no olvides hacerte un backup de tu rom actual por seguridad.
Posteriormente y una vez flashees tu nuevo sistema, yo te recomiendo no gastes tiempo en ponerte al día, pues yo al menos reinicio en fastboot e instalo nuevamente philz touch.
Reinicio en recovery para seguidamente hacer los wipes que se indiquen en la rom que quiero flashear y ya dejarla instalada, dado que la oficial sólo es la llave virtual para poder poner cualquier rom lollipop o kitkat posteriormente.
Y no olvides salvar todos los datos de la memoria interna, incluido aquellos donde tengas registro de seguridad de tus aplicaciones y datos de las mismas.
Espero hacerme entender y disfrutes ya de lollipop en cualquier rom con dicha base