Yo para actualizar copie literalmente la memoria del telefono al pc. Para luego volver a meter las capturas de pantalla, fotos hechas, etc. A la par tengo asi tambien en el server una copia de seguridad de los archivos por si algun dia me hace falta.
Luego tengo apps que te dan la opcion de descargar un archivo backup con tu configuracion y datos de esa app en cuestion.
La agenda la tengo en la cuenta de Gmail para asegurarme no perder dato alguno.
La propia copia de seguridad de Google y Samsung nada mas meter usuario y contraseña me dijo de descargar las apps que tenia.
Pero aun asi alguna cosa te queda siempre en el tintero. Si quieres asegurarte bien del todo, es un curro de narices pero hazte capturas de las configuraciones de cada app que no tenga opcion backup. Que sonidos de notificacion tiene cada app (esto yo si lo hago), etc.