Está complicado, a ver si algún compañero te puede decir algo al respecto. Si hubieras hecho la copia de seguridad a través de Pc companion, podrías haberla restaurado desde ahí, no todo, pero si lo mas importante.
De todas maneras, te comento a título personal, que una vez utilicé una app similar, borre todo del teléfono por un error y restauré la última copia. ¡Me iba el móvil fatal! se habían corronpido la mayor parte de los archivos, y me tocó flashear haciendo todos los wipes para partir de cero y ya empezó a funcionar estupendamente
A ver, tus app en cuanto te metas en el play store, las puedes recuperar todas, sin los datos previos claro, pero si todo lo que fueran aplicaciones de google, drive, google+ ....etc, que conservan todos los datos. Evernote, también en caso de formateo, no te pierde datos.
Fotos y demás archivos multimedia, en la SD, yo personalmente lo tengo todo subido a google+.
De esta manera, resetear un móvil no es tanto quebradero de cabeza, pues contactos y notas importantes se conservan a través de google o evernote y lo demás quizá también, conversaciones de whatsaap y similares.
Animo que seguro que ahora en limpio, te va el móvil estupendamente!!!!