La diferencia es que la FULL es la rom completa mientras que la OTA sólo tiene las modificaciones y/o mejoras que se hayan implementado. La OTA suele respetar tus aplicaciones y datos mientras que la versión FULL lo normal es que te borre todo y haga como si fuera de fábrica y aunque no siempre es así no puedes saberlo con antelación... Yo pudiendo elegir hago antes una copia de mis cosas y después le meto siempre la FULL por si acaso. Así elimino basura y se repara algún archivo que pueda estar corrupto, etc...