Pero tú sólo añade el nuevo fichero. No hace falta que borres nada. Metes en system/media el bootanimation.zip y debería de funcionar. Al menos, yo siempre lo he hecho así y es lo que comenta Phillz.
Gracias,me faltaba darle los permisos,con el root explorer
Solucionado,ya puse la animacion de jellybam