La regla de los tres wipes y p'alante!
Personalmente si sólo instalo un kernel o una actualización pequeña de alguna ROM, sólo wipeo la cache partition y la dalvik cache. Y si lo que flasheo es una radio ya ni eso, porque paso de que tenga que pasar un tiempo asentándose y generando de nuevo la cache y consumiendo de más.
En mi caso he probado la turkbey, los calamares, la narkdroid (que es la que llevo), la kingdroid, la illusion de neo y la lexrom y cero problemas pq cuando restauro (que yo creo que es mucho más importante saber restaurar correctamente que pararse a flashear primero una ROM oficial) lo hago con cuidado.
La cosa está en que al wipear se eliminan los datos, y al flashear la ROM nueva se escribe la anterior (que está sin datos).
No sé, como han comentado anteriormente yo creo que es un efecto placebo. Si no fuera así, tendríamos restos de archivos en la memoria interna del teléfono después de flashear una nueva ROM, cosa que yo nunca he visto.
Otra cosa es que se corrompa alguna cosa importante (como lo de la carpeta efs que han comentado), pero eso ya es otra historia.
Saludos.