Yo lo soluciono así:
Descargamos del Market "Rescan media" o "Rescan media root"
con un explorador de archivos ir a /sdcard/DCIM/ y borrar .thumbsnails, hacer lo mismo con /sdcard/external_sd/DCIM/.thumbsnails si tenemos fotos en ls sd-externa.
desde el mismo explorador de archivos crear un archivo vacío llamado ".nomedia" dentro de /sdcard/DCIM/Camera y /sdcard/external_sd/DCIM/Camera
abrir Rescan mediay pulsa "disable media scanner", esperar a que termine
"re-enable media scanner" y esperar (por alguna razón a veces necesito desabilitarlo primero y habilitarlo después :S)
Ahora borramos los archivos .nomedia y volvemos a escanear desde rescan media.
He forzado la creación de fotos duplicadas desconectando del PC de mala manera y me lo ha solucionado todas las veces.