Solo haciendo lo que dices ya debería pillarte satélites y darte el posicionamiento (si estás a cielo abierto por supuesto). Por lo tanto algo no va bien en tu GPS. El programa permite hacer distintos tipos de "reset" y en tu caso creo que conviene aplicar alguno porque la cosa no pinta bien.
Una vez configurado el puerto y los baudios antes de darle al botón "Open" eliges la forma de actuar sobre el GPS... tienes 4 opciones: Hot Start, Warm Start, Cold Start y Clear Memory.
Yo solo he usado el primero (que es el arranque normal) y el último (que hace limpieza de memoria del GPS). No tengo claro para que sirven los otros dos pero si el cuarto no hace nada yo los probaría, no pierdes nada.
Por ejemplo si eliges "Clear Memory" y le das al "Open" empieza a salirte datos... te vas a la pestaña de Information y hay que esperar a que en el apartado "Mode 2" salga el comentario "Update". En ese momento deberías tener satélites captados y darte el posicionamiento.
Suerte
NOTA: Aqui se habla un poco del programa:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=16405
Saludos