Para hacer root no perderias nada, si restableces el telefono si te pueden cobrar de nuevo el famoso SMS del whatsap. Yo aria root primero y con titanium backup la copia minimo de esa app para restaurar de nuevo una vez echo el reset y asi si no borras la carpeta de la interna tener todo como estaba antes.
Y a las malas puedes copiar dicha carpeta al PC y restaurarla luego con copy/paste al telefono antes de restaurar el backup, que dicho sea de paso la carpeta de titanium backup deberias hacer lo mismo para no perder todo.
Aun asi el reset no toca la particion de almacenamiento pero si estaria bien que la formateras despues del reset para asegurar un funcionamiento optimo del todo, con lo que si es combeniente el guardar esas y otras carpetas como videos, fotos, musica en el PC.
Tambien antes de nada puedes mirar si tienes demasiados archivos LOG que suelen crearse al encontrar fallos en el sistema y puedes dar con alguno que ocupe mas de 1Gb (cosa que la particion donde van y misma que las app, configuracion de estas y de sistema es la misma /data con capacidad de 2Gb). Tienes que ser root y en caso de tener uno de esos archivos super grandes estas comiendo mas de la mitad de esa particion con lo que explicaria tu falta de espacio.
Otro caso es exceso de apps que como casi todos tenemos cientos que ni usamos con lo que borrando esas que no se usan puedes conseguir el milagro de volver a tener un movil funcional.
Otro problema son los caches, son archivos para ayudar a agilizar el sistema, pero cuando te pasas hacen lo contrario y el sistema pierde rendimiento. Siendo root tienes muchas apps que eliminan estos y de paso consigues tambien espacio extra (en alguna ocasion llegue a ganar mas de 500Mb un cuarto del espacio en /data que tambien van alli una parte de ellos aun teniendo una particion para otros tipos de caches). Si es esto mataras 2 pájaros de un solo tiro, recuperaras esa velocidad perdida que comentas y volver a tener algo de espacio para meter alguna que otra app (el chrome que borraste por ejemplo).
Por supuesto con un reset de fabrica eliminas estos problemas tambien ya que obviamente dejas limpia /data de apps, caches, configuraciones y supongo que tambien los LOG (no lo probe nunca siempre los tenia muy controlados y los borraba a menudo a mano por que siempre lo primero que hago en un movil es ser root, casi antes de arrancar por primera vez ya tengo todo estudiado y las herramientas para hacerlo).