A mi me ocurre frecuentemente cuando el tlf queda totalmente sin bateria, no se si es la ROM (Cyanogenmod) o si es algun fallo del telefono, pero descubri como solucionarlo.
Solucion:
Simplemente conectado a tu computadora via usb, encendera el led rojo, este mismo parpadeara por unos 2 o 5 minutos. Luego quedara estatico, lo que significa que ya se esta cargando, dejalo asi por unos minutos a que agarre carga y ahora si puedes conectarlo a su cargador.
Algo de lo que me di cuenta es, que al utilizar cargadores genericos al telefono tambien se le dificulta cargar y a veces tambien lo bloquea de esa manera. Por eso utilizo y por lo visto los cargadores que nunca me dan problemas son, el original y el de un ipod/iphone/ipad.
Espero haber solucionado tu problema; Suerte.