Como mantener toda tu configuracion en rom nueva

[canitokintax]

Hola,tengo un neo con bootloader bloqueado,el sabado le meti la S.E Tweaked 0.7 por CWM,antes habia hecho un backup de la stock rom y una copia de todo con titanium backup.
Lei en un tutorial que habia que hacer con titanium copia de todas las aplicaciones y de las "cosas" que salieran en verde,y que eran datos de usuario y demas,y lo rojo decia que no se debia hacer backup porque crearia errores en la nueva rom.
Restaure todo pero algunas cosas las tuve que configurar de nuevo a mano.
Si sobre la se tweaked restauro el backup de la stock rom pierdo la se verdad?
Cual seria el metodo correcto para cambiar de rom y tener el movil con todas tus aplis y todos tus datos?
Un saludo

[canitokintax]

Ahora me doy cuenta que este no es el mejor sitio de poner esta duda,perdon.