Juraría que esto antes no era así, pero no puedo comprobarlo porque ya no tengo mi Galaxy Nexus. Resulta que la carpeta "Download" a la que se accede con un gestor de archivos (por ejemplo con ASTRO la ruta que me muestra es /storage/sdcard0/Download) no se corresponde con lo que ves cuando accedes a través de "Descargas" en la lista de aplicaciones. Hay cosas que aparecen en ambos sitios, y cosas que sólo aparecen en uno de los dos. Ejemplos:
Descargas de Google Drive: en ambos.
Descargas de Dropbox: sólo en carpeta del sistema de archivos.
Descargas de idiomas offline para Google translate: sólo a través de la "app" descargas.
Parece como si las aplicaciones que usan algún método estándar del sistema operativo para la descarga (Google Drive) se integran bien, y las que seleccionan de forma manual el destino en el sistema de archivos (Dropbox) no. Y lo de Google translate ya si que no lo entiendo...