Pues he creado un update.zip para que borre y reinstale las apps de /system y /data.
Lo flasheo y todo sale bien, pero al momento de reiniciar el móvil veo que no ha hecho nada, todo sigue como estaba.
Os dejo el código del script, por si hay algo que está mal (no me extrañaría

)
Código:
ui_print(" ");
ui_print(" ");
ui_print("====================================================================");
ui_print(" SpeedMau5 Rom V1 ");
ui_print(" Creada por 0bimau5 ");
ui_print("====================================================================");
ui_print(" ");
ui_print(" ");
ui_print(" Instalando /System ");
ui_print(" ======================= ");
delete_recursive("/system/app");
run_program("/sbin/busybox", "mount", "/system");
package_extract_dir("system", "/system/app");
ui_print(" ");
ui_print(" ");
ui_print(" Instalando /Data ");
ui_print(" ==================== ");
delete_recursive("/data/app");
run_program("/sbin/busybox", "mount", "/data");
package_extract_dir("data", "/data/app");
set_perm(1000, 1000, 0771, "/data/app");
ui_print(" ");
ui_print(" ");
ui_print("====================================================================");
ui_print(" Instalacion finalizada satisfactoriamente ");
ui_print(" Speedmau5 Rom ");
ui_print("====================================================================");
unmount("/data");
unmount("/system");