Solucionado. Al instalar la version anterior de la que tenia de CWM (la que tenia ahora era la 6.0.5.0 y la que tengo ahora es la anterior 6.0.4.8 creo), me salía el AROMA file manager y entré en eso e investigué un poco los contenidos de las carpetas por si encontraba lo mio y efectivamente habia una carpeta llamada "media" que estaba fuera de "system0" y "system1", y en ella encontré mis archivos así que lo que acabo de hacer es borrar todo el contenido de "system0" que es el 1 el cual utilizo y estoy moviendo todo el contenido de media en ella. Pero solo el de la carpeta "0", las demas las dejaré tal como están y cuando se mueva todo pues haré wipes e instalaré de nuevo el sistema y ya está.

Espero que a los que les pueda pasar esto en el futuro, que ojalá no les pase, les ayude ;)
Un consejo: no es recomendable MOVER los archivos, es mejor copiarlos porque cuando se utiliza mover, se queda la magen congelada y, yo almenos he sido paciente y he estado un buen rato esperando y espero que se haya pasado bien y no haya interrumpido mal la "movida" jajajaj pero es mejor copiar que al copiar si se ve el progreso. Y si vais a mover muchos archivos porque no teneis espacio y necesitais moverlos, es mejor que dejeis el movil con el proceso puesto durante almenos 1 hora dependiendo del tamaño. Yo tenia cerca de 11 GB y os recomendaría que esperaseis almenos 1 hora para eso por si acaso o incluso 2... ;) Y he descubierto que con el CWM 6.0.4.8 el system 1 es en media, fuera de las carpetas que hay creadas "system0" y "system1" así que moverlo ha sido para nada cuando hice los wipes e instalacion de rom de nuevo jajajaj bueno, ya almenos se sabe sobre el problema ;)