Por si te sirve de algo a mi tambien me pasaba con el sonido de las llamadas e incluso con el sonido de las llamadas de algunos contactos personalizados.Me di cuenta que esto me pasaba despues de conectar el movil al pc en modo almacenamiento masivo por lo que la solucion por la que he optado y de momento me funciona es poner las melodias de notificaciones,alarmas y llamadas no en la microSD sino directamente en system/bin/media/ y luego en ringtones,notifications..etc,es decir directamente en la memoria interna del movil y de momento me funciona aun conectando el movil en almacenamiento masivo.
A mi me molestaba mucho tener que volver a predefinir las llamadas para cada contacto y al principio pense que era por el tipo de melodia(mp3,ogg,amr...) y que solo admitia un formato pero luego me di cuenta que no era por eso y lo achaque a la rom pero cambiandola me pasaba lo mismo asi que hice pruebas y vi que no pasaba despues de reiniciar ni despues de cargarlo sino que simplemente me pasaba al ponerlo en almacenamiento masivo por lo que opte por la solucion que te he especificado.
Espero que te sirva de ayuda y tu problema sea el mismo que me ocurria a mi
SAludos foreros