[ CONSULTA ] Problema para root .55 y desinstalar apps

[Golden Eye]

Que tal amigos...

He estado con el intento de actualizar a la .55 pero sin perder root, de momento estaba en la .45 con root, me he querido pasar a .55 mediante éste método: http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1997030

Y bien, lo he logrado, ahora viene mi problema, intento desinstalar las apps como Astro, Media Remote, PlayNow, OfficeSuite Wisepilot; y también lo efectúo las desinstalo pero al apagar y encender el Xperia oh vaya!! O.O !! vuelven a aparecer las aplicaciones...

Por un principio había pensado que tal vez estaba algo corrupto al hacer el root, ya bajé los archivos de nuevo, ya regresé a .45 (ahí desinstalo las apps sin problema y no vuelven a aparecer) y volví a intenter el proceso a .55; nuevamente logro todo .55 con root, pero no puedo eliminar las apps, magicamente reaparecen al reiniciar.

Ya intenté con Root Uninstaller, y lo mismo...
Ya cambié los archivos que se necesitan para el root, tanto el zip para recovery como el ftf para flasear a .55 (ya utlicé un backup mio de .55 e igual logro el root pero el mismo problema)

Intente con una rom deodexada (de tonchimax) pero no puedo hacerlo mediante CWM me manda un error al leer el zip dice que no es el dispositivo correcto (como si estuviera intentando en algun otro xperia diferente al S)

Ojalá alguien pueda ayudarme...
Un saludo!
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EDITO:
-Aclaro utilizo stocks roms, tanto .45 como .55
-No he estado conforme con los mods y por ello sigo en las stock.
-Tengo el Bootloader bloqueado