Estas confundiendo lo que ves en el encuadre, con la resolución.
La resolución máxima es haciendo la foto en 4:3 porque el sensor es cuadrado (en realidad sería 1:1 pero no suelen dar esa opción los móviles). Luego si haces una foto a 16:9 es lo mismo que recortar es misma foto de 4:3 a 16:9 no hay más. Nunca vas a perder ni encuadre ni resolución si recortas una foto 4:3 a 16:9 por que será exactamente lo mismo que si la tiras a 16:9 directamente.... al contrario sí, por que perderás lo que ya has perdido de pasar de 4:3 a 16:9 (al tomar la foto en esa relación) más otro recorte nuevo a 4:3.
Haz lo que te de la gana, pero si las haces en 4:3 siempre podrás dejarla exactamente igual que si la hubieras tirado a 16:9 al contrario no.