Es problema debido a las últimas versiones de Superuser y su. Borra los datos de la aplicación Superusuario, reinicia en recovery y reinstala la ROM haciendo un format system previo y la limpieza de cache y dalvik-cache. Arranca y vete dando nuevamente permisos root a las aplicaciones según lo vayan pidiendo.
Enviado desde mi HTC Desire
EDITO:
He dado una vuelta al mensaje nº 2 del hilo, organizando un poco todo lo que tenía relativo a la ROM. Perder unos minutos en leerlo por si os interesa algo.