Cuando flasheamos (sea a Gingerbread, sea a Froyo) perdemos APPs, datos de usuario, cuentas, contactos, mensajes... Todo lo que esté alojado en la memoria del telefono y la SD interna. Todo lo que esté en la memoria SD externa (musica, fotos...) se queda en su sitio.
Puedes rootear, bajarte el Titanium Backup y hacer copias de seguridad de todas las apps (UNICAMENTE LAS QUE TE HAYAS DESCARGADO TU) para luego pasarlas a Gingerbread