Es que a la hora de pasar el EXT4, la verdad es que no "se pasa" nada. El script BORRA literalmente toda la memoria del terminal, le quita el formato, y le pone el formato EXT4. Al hacer eso, da igual las veces que restauremos los archivos, ya que son meros archivos.
La teoría es que solo al re-flashear el terminal se vuelve a formatear a EXT2.
Es como decir:
Tenemos un deposito de obra donde le metemos agua, pero el deposito está estropeado, medio roto y queremos tirarlo abajo y hacer otro nuevo.
Vaciamos el deposito con cubos de agua, para no perderla.
Después, con un mazo (el mazo es la primera parte del script) rompemos por completo el deposito viejo.
Cuando hayamos sacado toda la runa, nos ponemos paleta en mano a construir otro deposito con ladrillos y cemento (esa es la segunda parte del script).
Cuando esté el cemento seco, lo pintamos con pintura para piscinas y cojemos los cubos de agua y volvemos a verter todo el agua de los cubos al deposito.
Hasta ahí sería el proceso de Backup-Script-Restore.
Cuando colocamos una nueva ROM, es como rellenar el deposito con... Cocacola mismo.
El deposito será el mismo. Es solo el contenido el que cambia.