Mensajes si, contactos también, agendas también... PERO, para los contactos y la agenda hay sincronizarlos con una cuenta Google.
Solo necesitas crearte -si es que aún no la tienes- una cuenta Gmail y añadirla al terminal.
Entonces,a a la que flashees, la vuelves a poner y a través de internet se sincronizarán los contactos y la agenda.
Para los programas, hay mucha gente que usa el Titanium Backup. Tienes que ser Root para usarlo.
Y el riesgo que hay es CASI siempre por el factor humano. Leete bien el tutorial entero antes de hacerlo.