el backup te lo hace de todo el sistema tal cual lo tienes en ese momento, kernel, modem, apps, cuentas, datos, en fin de todo.
si tienes por ejemplo una rom 4.4.4 con kernel arter97 y pones una lollipop, si despues de 2 dias quieres regresar a tu backup no tendras problema, volveras tal cual lo tenias todo.
solo has de saber que si haces un backup con el recovery philz por ejemplo y cambias a TWRP por algun motivo, este no te reconocera ese backup y tendrias que volver a philz de nuevo