A mi me ha pasado alguna vez incluso recuperando nandroids backups que me daba error o simplemente se quedaba en el segundo splash sin cargar..
Solución: Copiar todo el contenido de la sd en una carpeta del pc, formatear la sd y volver a copiar el contenido en ella. Imagino que el causante será algún archivo oculto..
Me pasó en mi Magic, en la de mi novia y en la de un compañero... En el N1 no me ha pasado todavía...