Desconozco el origen de su problema, pero aquí les dejo mis 5 centavos de aportación:
Yo hace tiempo vengo usando una sdhc de 8GB y no he tenido problema hasta hoy, sé muy bien que estas miniaturas no tienen palabra de honor y en cualquier momento dan sustos, así que lo que hago con cierta frecuencia es hacer un respaldo en mi PC; el comentarios es porque de vez en cuando decido eliminar contenido de la memoria (por ejemplo música), cuando hago esto no lo hago desde el cel, yo prefiero formatearla (FAT32 por cierto) y después volver a copiar los datos que necesito desde el respaldo. Es tardado, sí, pero me ha dado buen resultado.
Otra práctica que tengo es en lugar de tener unas cuantas carpetas en la raíz de la tarjeta, es tener las más posibles a efecto de evitar varios niveles de subcarpetas pues leí por ahí que en primer lugar es mas eficiente la operación desde el punto de vista rapidez y por otro lado tener direcciones de archivos que concatenan varias carpetas/subcarpetas aumentan el riesgo de corromper archivos y carpetas completas.