No, el rooteo no se quita al intentar restablecer los valores de fábrica.
Mete la rom que más te guste o prueba varias antes de liarte a meter apps y demás.
Aquí tienes el tuto
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=341779
No le des más a restablecer valores de fábrica porque te pasará lo mismo, y si le haces un factory reset como has dicho en el primer mensaje pierdes todas las apps, configuraciones, fotos, música... Todo lo que tengas en el móvil, así que es una putada.