No, el root no se pierde al cambiar de rom, solo los archivos y cosas que no hayas guardado en la sd o la sim.
Vuelve a hacer los wipes (a mi, ademas de los manuales, me gusta usar el super wipe) y reinstala la rom. No restaures datos desde el tb, solo app.
Serà algun wipe que no se ha hecho correctamente. Suerte.