Yo acabo de mirar el ZIP de la v2.0 que tengo en el S3 y dentro de System/app no me aparece el whatsapp ... raro raro raro ...
De todas formas la mejor forma de quitar aplicaciones de sistema es o con el Titanium Backup o con el System App Remover.
Si no dispones de estos programas te los paso en un momento.
Saludos !
