Wenas, a mi tambien me ha pasado y a sido al meter por odin la ultima oficial, creo que es pq modifica el csc.
La solucion que he hecho para que no salga y pueda hacer root e instalar el recovery por odin.
es meter la oficial de agosto
http://www.hotfile.com/dl/167642773/...1_PHE.zip.html
por odin.
formatear el telefono y volver a meter la misma version oficial 4.0.4 una vez instalada y iniciado el telefono arrancar el kies y actualizara automaticamente a la 4.1.1 y despues temer el root por odin
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=385510
y vuala ya esta con 4.1.1 y root y sin cuadradito rojo.
Es un poco engorroso pero es de la unica manera que lo he podido solucionar yo.
un saludo