Para que reconozca el terminal bien el flashtool, métete en tu ordenador dentro de la carpeta flashtool---drivers y instalate el paquete de drivers que viene ahí, métele los genéricos y los del Xperia S, o algun que otro más por ejemplo Xperia Arc S, Xperia P (eso no es necesario, pero ya que instalas drivers que te detecte bien los teléfonos, después de eso intenta conectarlo en modo flasheo con el terminal apagado del todo pulsar el volumen (-) y enchufarlo al usb conectado al pc, debe de conectarse en modo flasheo (luz verde) y deberían salirte en windows que se ha detectado nuevo hardware.
Es posible que te falle el flashtool porque el teléfono debe de tener marcadas las opciones "Depuración Usb" sobre todo y la de orígenes desconocidos (menos importante), que igual no las tenías activadas, es posible que sin eso el flashtool te de error.
Intenta hacer un "factory default" apretando un rato largo unos 10 segundos el (+) Volumen + Power, a ver si así se te reinicia forzadamente y por lo menos puedes cargar el terminal.
Prueba a instalar PC Companion en otro pc o portátil a ver si si te coge el terminal al conectarlo al usb y te da la opción de reparar.
Saludos.