Borra los datos de la aplicación Superusuario y arranca S2E o cualquier otra aplicación que pida permisos superusuario para ver si salta la pantalla de permitir.
Actualicé un par de terminales ayer con esta última sin contratiempos, por lo que quedan descartados problemas con "su" o Superusuario.
Enviado desde mi HTC Desire