Pues mira, hasta donde yo comprendo la memoria interna identificada para programas es el equivalente al RAM en tu PC (entre mas programas / procesos corriendo mas se consume) y la memoria interna identificada como almacenamiento es equivalente al disco duro de tu PC (entre mas programas y archivos pues mas le consumimos). La tarjeta de memoria en este caso sería como disco externo en tu PC.
Lo único que se me ocurre que al instalar programas en la memoria externa te pudiera afectar a la interna (almacenamiento) es tal vez lo registros y ligas que se crean , pero pues no debe ser significativo.
Por otro lado hay programas que a pesar de darte la opción de instalarlos en la tarjeta en realidad van a parar a la memoria interna, que por cierto que dale una vista a la carpeta de programas en la memoria interna, tal vez puedas reconocer uno de estos casos.