Eso creo que es porque no tienes la iberia oficial por asi decirlo, como has tocado el kernel, pues a lo mejor ha cambiado algo. Porque yo le puse la iberia 4.0.3(del compañero allurba) y me saltaba en el pc companion la actualizacion.
Ahora eso sí, sabes que si actualizas por pc companion, pierdes el root no? para conservar el root, tienes que actualizar a 4.0.4 por flashtool. Aquí lo tienes todo muy bien explicado por allurba
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=393615
Saludos y espero haber ayudado