Puedes cambiarlo de dos maneras:
1- Con root explorer (de esta manera no lo he comprobado en ICS) y vas a systemui/media/bootanimation, y sustituyes ese archivo por el bootanimation que quieres, (no recuerdo si tendrás que marcar mount R/O) y reinicias.
2- descompilando la ROM (es lo que yo hago) y vas a la misma ruta system/media/ y reemplazas el archivo bootanimation que trae la ROM, por el que quieras.
Vuelves a compilar la ROM, la metes en la sd, vas a recovery y pasas el limpiador, y después la ROM que has compilado.
A mí me funciona así.
Saludos y suerte.
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