Yo es que me he ido dejando muchas aplicaciones descargadas, que ahora voy empezando a instalar... Entonces... tienes que tener en cuenta que muchas tocan en el registro, meten archivos por muuuchos sitios de los que la mayoría de las veces ni te enteras...
Por eso... o vas limpiando y controlando lo que vas instalando. Así te fijas por ejemplo si la inestabilidad del sistema viene por el último programa que instalaste, o directamente cortas por lo sano.
Pero claro, también hay que hacer backups cuando todo va bien... que parece que es cuando más los olvidamos.