Consultas relacionadas sobre roms y root en la seccion Roms y Desarrollo , en concreto en tu hilo de la cyanogenmod, se ha cometado en los muchos hilos este tema , mira esta guia:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=136421
Por cierto si tienes una partición EXT creada , las aplicaciones no se pasan a la SD manualmente , la Rom se encarga de pasarlas automáticamente, una aplicación que se utiliza con la cyanogenmod y que funciona muy bien es la S2E , que correctamente configurado , te lo pasa directamente a la partición EXT, pasándolas manualmente a la partición FAT32 , puede pasar que algunos widgets de aplicaciones no funcionen y que al hacer un backup no pueda hacer copia de esas aplicaciones porque ya no están en la partición EXT sino en FAT32