El tema de la garantia que es el que mas te preocupa lo puedes dejar como te lo dieron flaseando una rom oficial, si quieres la misma que tienes y poniendo el contador de flaseos a cero con el jig
http://www.ebay.es/itm/USB-JIG-Dongl...item3cc08aabf7
el tema de las app solo tienes que utilizar el titanium backup y hacer una copia de estas y de tu agenda y demas datos que quieras conservar y luego restaurar para volver a tener todo instalado, no hay mayor problema
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=295628
aqui tienes video tutoriales de todo, espero que te sirvan de ayuda.