Las aplicaciones, si desaparecen, es por no montar la partición EXT para aplicaciones con el S2E, o haber perdido la configuración este programa. GMail, Whatsapp,... hay que instalarlos desde el Market, y si estaban previamente instalados, es problema de montaje de la EXT (revisar la aplicación S2E y como configurarla en mensaje #2).
EDITO: El confirmador de llamadas se puede desactivar sin necesidad de tocar las GApps. Carga el programa Call Confirm y en Preferencias desmarca la casilla Habilitado.