Me autorespondo, después de horas de pruebas y mucho googlear, lo ideal es después de un wipe total, instalar primero SE2 y reiniciar y después instalar el resto de aplicaciones, esto es seguro, las aplicaciones que se instalen antes se quedan en el telefono.
Añado, aunque no es seguro, que es recomendable marcar la casilla automontar ext4 en la configuración y primero marcar aplicaciones y reiniciar y después marcar dalvick-cache y volver a reinicar, pero no hacerlo todo a la vez. Almenos yo las dos veces que lo he hecho todo a la vez el telefono nunca se ha despertado del reinicio. Aunque quizás sea un problema de versión de CM o de kernel, no lo sé.
