Aparece R porque efectivamente, estás en Roaming, pero nacional. Tienes la tarjeta del operador Pepephone, pero el terminal está usando la red de Vodafone. De ahí la R. No te supondrá coste extra mientras no salgas del pais, en cuyo caso será Roaming Internacional y ese sí que cuesta.
En Yoigo pasa lo mismo cuando en zonas sin cobertura, el móvil se asocia a Movistar.