Obviamente es tema software. Prueba a reinstalar la ROM que llevas, si es MM como comentas, incluyendo wipe system, es decir, caché..dalvik y system, no pierdes dato alguno. Si no se te soluciona así pasaría a instalación totalmente limpia incluyendo además internal storage, que veo que es el otro que no haces cuando hablas de "limpia", con esto perdería toda la información del teléfono que debes poner antes a salvo.
Edito: No te he dicho que borres datos app porque comentas que incluyes wipe data en las instalaciones, si restauras datos cuando instalas, prueba antes de nada a borrar datos de la app reloj.
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