Posible solución, por ahora parece que me funciona:
VIene de aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1232674
Tienes que activar el Configurador de IU del sistema.
Primero baja la cortina de notificaciones, y arriba a la derecha verás la ruedecita de ajustes. Déjala pulsada unos segundos, y lo tendrás activado.
Ahora te vas a Ajustes -> Configurador de IU del sistema -> Otros -> Controles de energía de las notificaciones y lo activas.
Luego te vas a Ajustes -> Aplicaciones -> Whatsapp ->Notificaciones -> Desactivamos el Automático y ponemos importancia (5) la máxima.