Tras mucho investigar y batallar con cientos de archivos .exe por fin encontré la solución a mis problemas.
La solución fue instalar MiPC Suite
http://pcsuite.mi.com
Tras la instalación, los drivers aparecieron en Android Phone como debían, pude seguir con el flasheo de una ROM oficial para después pasar a la xiaomi.eu con ésta guía
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1125818
Ahora mi siguiente paso será el desbloquear el bootloader.
Todo fue hecho en Windows 8.1 x64