Sí, no pasa nada, las ROMs que no son firmwares completos (Todas las que no se instalen mediante los comandos, CM12, 13 y cualquier otra) no cambian el bootloader.
Puedes instalar la OTA sin problema si no tienes un bootloader superior o igual al que la propia OTA instale, así que en este caso sí, podrás poner la OTA si nunca has tenido la SOAK de 6.0.