Yo soy el autor del script FSC del M2. Te explico lo más brevemente posible lo que es:
Un script FSC es una plantilla de flasheo para el motor 0.9.19 de Flashtools, el cual está designado para poder flashear Xperias de séptima y octava generación, es decir, a partir del Z3+ (Z4) en adelante. Ésto se debe a unos cambios que Sony introdujo en el protocolo S1 en estos modelos. Por ello, para poder utilizar el nuevo motor era necesario crear un script FSC para nuestros modelos. Lo puedes encontrar en C:\Users\<Tu-Usuario>\.flashTool\devices\D230X\script.fsc. Dicho script viene pre-instalado a partir de flashtools 0.9.19.8. Si lo abres podrás comprobar que en verdad, son una serie de pasos definidos, como abrir la particion 2 del TA, establecer el estado de flasheo como 1, cerrarla, abrirla, enviar varios ficheros a sus determinadas particiones, etc.
Qué sucede, que este script FSC lo hice con USB Dump ejecutando Emma al flashear una versión 18.3.1.C.1.17, lo cual significa que el script es para KitKat, no Lollipop.
Ésto supone que, por ejemplo, el orden de subida de las imágenes firmadas sea diferente al que debería (en vez de subir primero los TA, sube dbi y appsboot, etc), además de que, como en KitKat no existían los apps_log, pues directamente ni lo flashea, y de que, si encuentra algún TA distinto al valor inicial, lo restaura de nuevo al original, de ahi que esté constantemente 'dumpeándola' a un lugar seguro.
Dicho todo esto, usar un FSC script, para flashear un FTF de Lollipop es, cuanto menos, PELIGROSO. Por ello, recomiendo encarecidamente borrarlo si NO se va a usar, o asegurarnos de darle siempre a NO cuando Flashtools nos pregunte si debemos usarlo.
TL;DR: Ve a C:\Users\<Tu-Usuario>\.flashTool\devices\D230X\ y borra el script.fsc para evitar conflictos de compatibilidad.