SI ya tienes el TWRP te vale. Haz los wipes (cuidado con el internal storage que supongo que borrará todo incluido la "tarjeta" con fotos y demás incluido) y ya está, flaseas rom, gapps y a correr.
Sí deberías hacer el wipe data, no son los datos de la SD, son los datos que vas metiendo en la ROM (idioma, cuentas, etc etc) y algo habrá de instalaciones de aplicaciones pero me imagino que de historias que necesite el sistema. Vamos en resumen, que los wipes que hago yo son dalvik cache, cache, y data. El system con CWM siempre lo hacía pero con TWRP no tengo muy claro si hace realmente falta porqu ealguna vez me ha hecho algún flaseo raro si lo hacía.
Cuando dicen nandroid dicen que hagas un backup sí, y además con TWRP incluso luego lo puedes copiar al ordenador (yo prefiero después de comprobar que la rom nueva instalada es funcional) y así ganas espacio. Si un día quieres volver la vuelves a copiar en la ruta que estaba y arreglado.
EDIT. Te leí mal, veo que hablabas de seleccionar opciones cuando haces los wipes pero te refieres a la hora de hacer el backup. Yo ni siquiera me he preocupado de trastear esas opciones, siempre he usado las que están marcadas por defecto y nunca me ha fallado. Pero eso sí, yo entiendo que el data sí lo debes marcar, porque los utiliza la rom, la nueva lo seguirá haciendo, y nadie te dice que sea de la misma manera.
