Para poder hacer un zip flasheable por recovery te hace falta un arhivo de metadatos con el script para hacer el flasheo, aparte tambien necesitas un script para borrar todos los archivos odex del sistema. Yo en mi rom lo que hago es editar el archivo system.ext4 creado por prfcreator en ubuntu y borro directamente todos los archivos odex y reemplazo con los archivos deodexados. Te dejo el tutorial de @
Jechus http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1019542 esta colgado en el foro del z1 pero sirve igualmente para el z3, ahi te explica muy bien como hacer el deodexado. Saludos